O Grupo de Arquitetura Molecular é focado principalmente na área de métodos semi-empíricos da Química Computacional. Este grupo é liderado pelo Prof. Dr. Alfredo Mayall Simas e é composto atualmente pelos integrantes: Gustavo Moura, Caroline, Thiago, Dimitri e Gustavo.
Os principais trabalhos de pesquisa desenvolvidos pelo nosso grupo foram o Modelo Sparkle e o método Recife Model 1 (RM1).
O Modelo Sparkle foi desenvolvido para que os métodos AM1, PM3 e PM6 fossem capazes de otimizar as estruturas dos mais diversos complexos de lantanídeos, atualmente uma área de pesquisa muito intensa, e assim também prever as várias propriedades desses compostos.
O método RM1 é capaz de modelar os mais diversos sistemas da química orgânicas, bioquímica e pesquisas farmacêuticas. Este método é essecialmente idêntico ao AM1, mas com parametrizações melhores e mais novas.